Свое формирование берет начало с рентген кабинета, который начал свою работу с 1955г в составе клинического отдела, в1965г.как самостоятельной подразделение института. Заведующим рентген кабинетом являлся Геннадиник И.С. В 1965г. принят врач рентгенолог Сагитов И.С. С 1972г по 1993гг объединение с радиологической лабораторией, заведующий рентген-радиологического отделения назначен к.м.н. Сагитов И.С., среди врачей отмечалось пополнение: врач рентгенолог Смирнов В.А, врач радиолог Коновалюк Ю.П. За время существования было подготовлено 2 к.м.н ( Сагитов И.С., Смирнов В.А.). Результаты отделения были обобщены в 29 кандидатских и 4 докторских диссертациях, было подано 22 рационализаторских предложения. В 1993г. отдел был ликвидирован. С 2007г заведовать рентген кабинетом стала врач рентгенолог Трапезникова Т.И., совместно с врачом рентгенологом, к.м.н Сагитовым И.С, рентген лаборантом Потылицыной З.Ф., санитаркой Керенцевой И. С 2015г.в рентген кабинете трудится врач рентгенолог Мельник Г.В.
С 1958г. как самостоятельной структурное подразделение клиники начало функционировать отделение функциональной диагностики. Заведовали отделением: к.м.н Ю.А.Терехов (1958-1973), к.м.н К.И.Сухотина ( 1973-1981), к.м.н, с.н.с, заслуженный врач БАССР Г.З.Думкина ( 1982-1992), к.б.н., с.н.с Г.М. Набиева ( 1992-1998), к.м.н., с.н.с Э.Т.Валеева ( 1998-2002), к.м.н Э.Р. Уразаева ( 2002-2019г). В состав врачей входили: Набиева Г.М.(1974-2004гг), Покало В.Н.( 1972-1995гг), Сергеев Ю.М. (1974-1992гг), к.м.н Гайсин А.А ( 1995-2019гг.), к.м.н Нигматуллин И.М.( с 1985 по настоящее время),к.м.н Галлямова С.А.( с 1998г по настоящее время) Средний медперсонал: Исандюкова Т.М.( 1962-1993гг), Виткова Т.К. (1964-1986гг), Мухаметкулова В.М.(1985-2003гг), Плотникова Н.И. (1983-2018гг), Багаутдинова Н.Р старшая медсестра отделения, высшей квалификационной категории, значок отличника РБ, почетная грамота РФ ( с1990 по настоящее время), Шабрина В.Д высшей квалификационной категории, значок отличника
РБ, Колоченко А.Ю. с 2015г по настоящее время), Невядовская А.Ю. ( с 2019г по настоящее время)
В 1988 году впервые организован и создан эндоскопический кабинет -хирургом, врачом-эндоскопистом Хашаевым Р.А после прохождения первичной специализации по эндоскопии в 1985 году в г. Москве. В помощь врачу с 1989 года принята медсестра Баранова Татьяна Ивановна, которая прошла первичную специализацию по эндоскопии в г. Москве и работала до 2019 года в данном кабинете. С 1999 году принят врач-эндоскопист Фаттахова Лилита Алексеевна. Сочетание инициативы врача и материальной поддержки директора института Бакирова А.Б. значительно расширился арсенал эндоскопических исследований. В 1999 году открыт кабинет фибробронхоскопии, с 2001 по 2015 год был открыт кабинет колоноскопии. В настоящее время продолжают работать врач-эндоскопист высшей категории, кандидат медицинских наук Фаттахова Л.А, медсестра высшей категории Магдиева Л.Р. и санитарка Арсланова Р. А.
В 1992г. был организован кабинет ультразвуковых исследований, под руководством уже существующего отделения функциональной диагностики заведующего д.м.н. Валеевой Э.Т. Исследования проводились на портативном и стационарном ультразвуковых приборах без цветных доплеровских приставок. На базе кабинета проводились исследования органов брюшной полости, почек, трансабдоминальное исследование органов малого таза. С 1994 -2001гг в штат принят врач Каримова Л.Р., с 2001г. приступила к работе врач высшей квалификационной категории по УЗД Курбангалеева Р.Ш. на ее счету более 12 статей, 2 методических пособия, имеет почетную грамоту РФ, в 2004г. в помощь врачу для регистрации исследований была принята медсестра Петрова В.И. В 2004 году институт был оснащен современным ультразвуковым аппаратом Acuson Aspen (Германия), с цветной доплеровской приставкой, принтером с возможностью фиксации выявленных изменений. В связи с этим, расширился арсенал исследований — ультразвуковые исследования щитовидной железы, молочных желез, мягких тканей, трансвагинальные и трансректальные исследования органов малого таза, ультразвуковые дуплексные сканирования магистаральных артерий головы, почек, артерий, вен верхних и нижних конечностей, эхокардиография. В 2012г. был открыт второй кабинет в связи с приобретением второго стационарного прибора с цветной доплеровской приставкой, принтером, полным набором датчиков Aplio Artida Toshiba для проведения Эхокардиографии и УЗД сосудов. Прием вели 4 врача функциональной диагностики : к.м.н Уразаева Э.Р., к.м.н. Гайсин А.А., к.м.н. Нигматуллин И.М.,к.м.н. Галлямова С.А., одна медсестра с высшей квалификационной категорией Ишмухаметова З.Н. (с 2008г.). В 2015г. на баланс института встал аппарат UGEO H60-RUS.
В августе 2019 г. все выше перечисленный подразделения были сформированы в Отделение инструментальных методов исследования во главе заведующего отделения – врача рентгенолога, врача высшей квалификационной категории, Гареева Лилия Филлуровна, старшая медсестра отделения, высшей квалификационной категории Багаутдинова Наиля Рифгатовна.