Уфимский НИИ гигиены и профзаболеваний создан в соответствии с распоряжением Совета Министров РСФСР № 3241-р от 8 сентября 1955 г. и приказом Министра здравоохранения РСФСР за №503 от 14 декабря 1955 г.; приказом Министра здравоохранения РСФСР №113-а от 16.12.1992 г. переименован в «Уфимский научно-исследовательский институт медицины труда и экологии человека» Министерства здравоохранения Российской Федерации. Постановлением Президиума Верховного Совета Республики Башкортостан за № 6-3/199 от 19.10.1992 г. включен в состав Академии наук Республики Башкортостан.
Открытие института в значительной степени было связано с добычей и переработкой башкирской нефти, что повлекло за собой необходимость изучения санитарно-гигиенических условий труда и профилактики профессиональной заболеваемости в этой отрасли промышленности. На базе Уфимской профпатологической клинической больницы (главный врач Р.Ф. Габитова) и ликвидированного Магнитогорского научно-исследовательского института гигиены труда и профзаболеваний (директор Б.Д. Разумовский) был создан Уфимский научно-исследовательский институт гигиены и профзаболеваний, а профпатологическая больница преобразована в отдел профпатологии института. С первых дней своего существования институт был ориентирован на гигиенические проблемы в нефтяной и нефтеперерабатывающей промышленности, позднее, вместе с ростом индустриализации республики, профильными отраслями для института стали также нефтехимия, добыча и переработка газа, строительство и эксплуатация магистральных трубопроводов.
Первым директором института гигиены и профзаболеваний была Мухаметова Гайнуш Минигайсовна – основатель профпатологической школы в республике, кавалер Ордена Ленина и двух Орденов Трудового Красного Знамени, отличник здравоохранения СССР и отличник нефтеперерабатывающей и нефтехимической промышленности СССР, заслуженный врач БАССР, доктор медицинских наук, профессор, руководившая институтом в течение 22 лет (с 1957 по 1979 год).
С января 1979 по декабрь 1997 гг. институтом руководила доктор медицинских наук, профессор, член-корреспондент Академии наук Республики Башкортостан, академик Европейского РАЕ, заслуженный деятель науки Республики Башкортостан, заслуженный врач Российской Федерации и Республики Башкортостан Башкирской АССР, отличник здравоохранения СССР Карамова Лена Мирзаевна.
В 1997 году директором института был назначен доктор медицинских наук, профессор, заслуженный врач Российской Федерации и Республики Башкортостан, заслуженный деятель науки Республики Башкортостан, академик АН Республики Башкортостан Ахат Бариевич Бакиров. Под руководством Бакирова А.Б. Институт долгое время был сотрудничающим центром Всемирной Организации Здравоохранения по медицине труда, в 2003 году по поручению Европейского бюро ВОЗ по медицине труда был включен в крупный международный проект по разработке Российской модели управления здоровьем, охраной труда и окружающей средой на рабочем месте.
С 2022 года директором Института приказом Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека (Роспотребнадзор) №270-л\о от 03.06.2022 г. назначена кандидат медицинских наук, Шайхлисламова Эльмира Радиковна.
Сегодня Уфимский НИИ медицины труда и экологии человека – научно-исследовательский и клинический центр в области промышленной экологии, гигиены и медицины труда, в котором успешно трудятся 8 докторов и 32 кандидата наук, в том числе 6 доцентов, 4 профессора, академик и член-корреспондент АН Республики Башкортостан, специалисты разных направлений гигиены труда, медицины труда, химии, биологии. На базе института подготовлено более 30 докторских и 140 кандидатских диссертаций.