Отдел медицины труда организован 01 января 2020 года ( Приказ от 27.12.2019 № 164-о/д) путем слияния отдела охраны здоровья работающих и отдела гигиены и физиологии труда
В годы становления отдела охраны здоровья работающих были изучены и описаны патогенез, клиника, диагностика, лечение, экспертиза трудоспособности при острой и хронической интоксикации нефтепродуктами (Г.М. Мухаметова, Л.И. Геллер, Р.Ф. Габитова), состояние здоровья рабочих при бурении нефтяных скважин (Н.А. Мустаева), проводились исследования по изучению сократительной функции миокарда, вестибулярного аппарата при хроническом воздействии нефтепродуктов (Р.С. Островская, З.С. Терегулова, М.Ф. Газизов). Выполнены исследования по изучению здоровья рабочих в производствах синтетического этилового и бутилового спиртов, синтетических жирных кислот, изопропилбензола, альфаметилстирола, окиси этилена, метоксона, трихлорэтилена, высших жирных спиртов,описана клиника, патогенез хронического отравления бензином (З.Г. Подрез), альфаметилстиролом (А.Х. Каримова), клиника кожных проявлений (хлоракне) при воздействии производства хлорфеноксиуксусной кислоты (Л.И. Бикбулатова, К.А. Телегина), профессиональных заболеваний кожи рабочих на предприятиях нефтяной, химической, микробиологической промышленности. Определены факторы риска развития дерматозов на предприятиях микробиологической промышленности (А.А. Курмаева).
Активно изучалось воздействие продуктов нефтехимии на женский организм и его специфические функции (В.А. Суханова, М.К. Гайнуллина, Н.В. Мельникова.). Разработаны теоретические основы здоровья здоровых и профессиональных адаптаций, критериев профпригодности и профессионального отбора в нефтеперерабатывающей промышленности (Л.М. Карамова).
В первые десятилетия существования отдела сотрудники уделяли значительное внимание исследованиям вопросов гигиены и физиологии труда при бурении нефтяных скважин, при переработке высокосернистой нефти, при проведении ремонтных работ (А.И. Коваленко, Ю.А. Терехов, В.А. Трофимов, Э.А. Капкаев, В.А. Полянский, Е.В. Лядова и др.). Сотрудники отдела первыми в стране провели физиолого-гигиенические исследования по оценке условий труда и состояния здоровья рабочих, занятых бурением и подземным ремонтом нефтяных скважин на месторождениях нефти, где применялось новое оборудование — трубобуры и электробуры в условиях жаркого и холодного климата. Кроме того, были проведены исследования по изучению условий труда, быта и медицинского обслуживания строителей магистральных трубопроводов, расположенных в различных регионах страны от Средней Азии до Крайнего Севера Западной Сибири (В.Р. Чевпецов, Н.Х. Гумеров, А.П. Фадеев, А.М. Магасумов).
В конце 80-х годов были изучены несколько десятков новых, современных нефтехимических производств (Т.П. Урусова, В.А. Полянский, В.Р. Чевпецов, Н.А. Еникеева, Т.П. Фиалковская, Л.В. Трофимова, В.А Трофимов, Э.А. Капкаев, А.К. Монкевич, Н.А. Еникеева, Э.У. Хафизуллин, В.И. Бойко, Н.И. Симонова. Л.К. Каримова, Н.Р. Рахматуллин).
Проведенные исследования позволили выявить основные вредные факторы на рабочих местах современных нефтеперерабатывающих и нефтехимических производств, разработать комплекс оздоровительных мероприятий, направленных на обеспечение соблюдения гигиенических нормативов. Б.Ш. Валишиным были изучены условия труда на производствах катализаторов, расположенных в различных регионах страны (города Омск, Новокуйбышевск, Рязань, Салават, Ишимбай и др.). В эти же годы была дана гигиеническая оценка загрязненности промышленных площадок нефтеперерабатывающих и нефтехимических заводов (Стерлитамакского, Куйбышевского заводов СК, Уфимского завода Синтезспирта, Нижнекамского и Салаватского нефтехимических комбинатов, Казанского завода «Оргсинтез», Уфимского завода резиновых технических изделий, Оренбургского газоперерабатывающего завода и др.) (Ф.А. Ярмухаметова, Н.И. Симонова, Л.К. Каримова, Б.Ш. Валишин, Н.Х. Рахматуллин, О.В. Красовский).